Zbog pojave nekih bolesti kao što je GSE i poljuljanog povjerenja konzumenata u transparentnost i sigurnost prehrambenog lanca u kojem proizvodi životinjskog podrietla zauzimaju važno mjesto, posljednjih su se godina znatno povećali zahtjevi za kontrolom kvalitete i sljedljivošću nastajanja prizvoda koji se koriste u ishrani životinja (“Feed for Food”).

AGROPROTEINKA je stoga od 2002. godine certificirala prema međunarodnom standardu sustava kvalitete ISO 9001:2000 za zbrinjavanje i termičku preradu konfiskata i otpada životinjskog podrijetla, proizvodnju mesno-koštanog brašna i životinjskih masti. Također je uveden sustav kontrole kvalitete QC (Quality Control) - SYSTEM CERTIFICATE zbog zahtjeva inozemnih kupaca prema dobavljačima komponenti za stočnu hranu zasnovanu na HACCP (Hazard Analysis and Critical Control Points) principim sustava kontrole zdravstvene zaštite i GMP (Good Manufacturing Practice) za stočnu hranu i kakvoću po međunarodnim standardima.Uvođenjem navedenih standarda AGROPROTEINKA je upisana na QC listu stalnih dobavljača nizozemkih proizvođača stočne hrane pri nizozemskom ministarstvu poljoprivrede (PDV), odjel za kontrolu kvalitete stočne hrane. Time je garantirano da se proizvodi Agroproteinke proizvode prema važećim propisima i zahtjevima za proizvode životinjskog podrijetla koji se koriste za stočnu hranu.

S uvedenim ISO 9001:2000, HACCP i GMP standardima AGROPROTEINKA prezentira svoj sustav kvalitete omogućujući jednostavnu provjeru sustava od strane kupaca i nadležnih ustanova.
Svakodnevno se u suvremenom laboratoriju Agroproteinke vrše analize finalnih proizvoda i utvrđuju parametri koji određuju kvalitetu proizvoda. Osim interne analize, uzorci proizvoda daju se na analizu i neovisnim vanjskim ovlaštenim laboratorijima. Time se naglašava velik interes u stalnom unapređenju kvalitete proizvoda Agroproteinke.